فروشگاه انتشارات ققنوس در بهمنماه سال ١٣٥٦ آغاز به کار کرد، اما این آغازِ کار نبود: امیر حسینزادگان، مؤسس انتشارات، کارش را در این حوزه از سال ١٣٥٠، در یکی از محلات جنوبغربی تهران، مهرآباد جنوبی، و با راهاندازی کتابفروشی «امیر»،
اولین کتابهایی که انتشارات ققنوس منتشر کرد عبارتند از: توراندخت، اثر برتولت برشت و با ترجمه زندهیاد رضا کرمرضایی؛ منظومهخاک، سروده محمدعلی سپانلو وشازده احتجاب، اثر زندهیاد هوشنگ گلشیری.
توجه ویژه به نشر آثاری متفاوت در حوزه کودک و نوجوان از همان ابتدای فعالیت انتشارات ققنوس باعث تولد «نشر سرود» شد که آثار باکیفیتی برای این گروه سنی چاپ و عرضه میکرد، از جمله آثار نسیم خاکسار، قدسی قاضینور، داریوش عبادالهی، جواد مجابی و… نشر سرود، از زیرمجموعههای ققنوس، بعدها جای خود را به انتشارات آفرینگان داد.
از آن روزگار تاکنون، انتشارات ققنوس بیش از هزار عنوان کتاب در حوزههای گوناگونی چون ادبیات، داستان، تاریخ، فلسفه، روانشناسی و… منتشر کرده است.